W utworzonym w ramach projektu CDT-CARD Laboratorium Bioinformatyki i Analiz in silico (LBA) podstawowym narzędziem badawczym jest sprzęt komputerowy dostarczający zasobów obliczeniowych na potrzeby wykonywanych przez LBA zadań.

Zakupione zostały dwa serwery obliczeniowe PRIMERGY RX2540 M5 marki Fujitsu wyposażone w 2 procesory Intel^® Xeon^® Gold 6230 każdy, co sumarycznie przekłada się na 160 wątków obliczeniowych. Każdy serwer jest wyposażony w 1,5 TB pamięci operacyjnej a także profesjonalną kartę grafiki NVIDIA^® Quadro RTX 6000 posiadającą 24 GB pamięci operacyjnej. Całość systemu uzupełniają dyski SSD o pojemności 1TB  i oprogramowanie VMware^® vSphere^®. Dodatkowo zakupione zostały dwie stacje robocze klasy PC służące do zarządzania systemem obliczeniowym i prototypowego uruchamiania zadań obliczeniowych.

Kluczową rolę w zakupionym zestawie odgrywa oprogramowanie VMWare^® pozwalające na uruchamianie maszyn wirtualnych jako usług dedykowanych konkretnym zastosowaniom. Uruchomione są więc maszyny wirtualne oparte na środowisku Linux i służące do rozbudowy istniejącego już na Wydziale Farmaceutycznym heterogenicznego systemu obliczeniowego typu grid oraz obliczeniom GPU. Przygotowano również maszyny pracujące pod kontrolą środowiska Windows dedykowane  specjalistycznemu oprogramowaniu do modelowania heurystycznego za pomocą obliczeń ewolucyjnych. W ten sposób LBA dostarcza zarówno mocy obliczeniowej jak też i usług na żądanie poprzez skonfigurowane „na miarę” maszyny wirtualne będące kompletnymi i dedykowanymi specjalistycznym zastosowaniom narzędziami obliczeniowymi.

Aktualnie Laboratorium Bioinformatyki i Analiz in silico prowadzi prace obliczeniowe w następujących zagadnieniach:

• przetwarzanie obrazów i obliczenia za pomocą systemów uczenia głębokiego (Deep Learning)
• modelowanie QSAR dla substancji o aktywności na układ serotoninergiczny
• optymalizacja składu i identyfikacja mechanizmów procesów uwalniania substancji leczniczych ze stałych postaci leku
• korelacja (IVIVC/IVIVR) i ekstrapolacja in vitro in vivo (IVIVE)
• ocena in silico potencjalnej kardiotoksyczności substancji leczniczych

Serwery obliczeniowe firmy Fujitsu